Mis à jour le 11 septembre 2026
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Une dépression sévère peut ouvrir droit, chez un fonctionnaire, à un congé de longue maladie destiné à protéger son emploi et son traitement pendant les soins. Mais l’administration ne l’accorde pas automatiquement : un avis médical défavorable, un dossier jugé incomplet ou un désaccord sur la gravité des troubles peuvent conduire à un refus. Ce refus n’est pourtant pas la fin de la démarche, et plusieurs voies existent pour le contester.
En bref : un refus de congé de longue maladie doit être motivé par l’employeur public, qui s’appuie sur l’avis du conseil médical après examen par un médecin agréé. L’agent dispose d’un recours gracieux auprès de son employeur, peut demander une nouvelle expertise ou la saisine du conseil médical supérieur, puis contester la décision devant le tribunal administratif dans un délai de deux mois. Pour une dépression reconnue comme maladie mentale, le congé de longue maladie peut atteindre trois ans (un an à plein traitement, deux ans à demi-traitement), avant un éventuel passage en congé de longue durée pouvant aller jusqu’à cinq ans pour la même affection.
Qu’est-ce qu’un congé de longue maladie pour dépression ?
Le congé de longue maladie (CLM) est un congé statutaire ouvert au fonctionnaire, titulaire ou stagiaire, dont l’état de santé rend impossible l’exercice de ses fonctions pendant une période prolongée et nécessite un traitement et des soins prolongés. La liste de référence des affections concernées est fixée par l’arrêté du 14 mars 1986, toujours en vigueur : elle recense des pathologies lourdes, dont des troubles psychiatriques graves, catégorie sous laquelle une dépression sévère et invalidante peut être reconnue.
Le comité médical, devenu conseil médical, apprécie chaque dossier au cas par cas : une dépression non listée nommément peut malgré tout justifier l’octroi du congé si elle est dûment constatée par certificat médical et qu’elle empêche réellement l’agent de travailler. Le CLM se déroule en principe sur un an à plein traitement, puis deux ans à demi-traitement, dans la limite de trois ans pour une même affection.
| Congé | Durée totale par affection | Rémunération |
|---|---|---|
| Congé de longue maladie (CLM) | 3 ans maximum | 1 an à plein traitement, puis 2 ans à demi-traitement |
| Congé de longue durée (CLD), maladie mentale, non imputable au service | 5 ans maximum | 3 ans à plein traitement (dont l’année de CLM déjà consommée), puis 2 ans à demi-traitement |
| Congé de longue durée, affection imputable au service | 8 ans maximum | 5 ans à plein traitement, puis 3 ans à demi-traitement |
Pourquoi un refus peut-il tomber sur un dossier de dépression ?
Un refus n’est jamais discrétionnaire : il repose sur un avis rendu par le conseil médical après examen du dossier transmis par un médecin agréé. Sur un trouble psychiatrique, plusieurs points font régulièrement débat : la gravité réelle des symptômes décrits, le caractère durable ou non de l’incapacité, ou encore un désaccord entre le médecin traitant qui prescrit l’arrêt et le médecin agréé qui l’examine pour le compte de l’employeur.
Le refus peut aussi venir d’un problème de forme plutôt que de fond : certificats incomplets, absence de bilan psychiatrique circonstancié, ou refus de l’agent de se soumettre à l’examen du médecin agréé. Sur ce dernier point, les textes sont clairs pour les régimes de congé de longue durée : le refus dûment constaté de se soumettre aux examens nécessaires entraîne lui-même le rejet de la demande. Il est donc essentiel de se présenter aux convocations médicales et de fournir un dossier complet dès le départ.
Quels recours amiables engager avant toute procédure contentieuse ?
La première étape reste le recours gracieux directement auprès de l’employeur : il s’agit de demander le réexamen de la décision en joignant des pièces médicales complémentaires, notamment un compte-rendu psychiatrique plus détaillé ou un second avis spécialisé. Ce recours ne suspend pas les délais de recours contentieux, il faut donc le former rapidement après la notification du refus.
En cas de désaccord persistant entre le médecin traitant et le médecin agréé, l’agent peut demander une nouvelle expertise ou la saisine du conseil médical supérieur, instance qui réexamine le dossier en cas de contestation d’un avis médical rendu localement. Cette étape permet parfois de débloquer la situation sans attendre une décision de justice, en particulier lorsque le point de blocage est purement médical plutôt qu’administratif.
Comment porter le refus devant le tribunal administratif ?
Si les démarches amiables n’aboutissent pas, le refus de congé de longue maladie constitue une décision administrative individuelle défavorable qui peut être contestée devant le tribunal administratif dans un délai de deux mois à compter de sa notification. La décision doit être motivée : un refus insuffisamment justifié peut être annulé pour ce seul motif de forme, indépendamment du fond du dossier médical.
Lorsque la situation de l’agent est urgente, par exemple parce qu’il se retrouve sans revenu ni couverture santé adaptée pendant l’instruction, un référé suspension peut être introduit en parallèle du recours au fond. Le juge des référés statue alors rapidement sur la légalité apparente de la décision, sans attendre le jugement définitif sur l’ensemble du dossier.
Quels droits pendant l’attente de la décision du conseil médical ?
La situation la plus fragile reste celle de l’agent qui a épuisé ses droits à congé maladie ordinaire (CMO) sans que le conseil médical ait encore rendu son avis sur la demande de CLM ou de CLD. Un décret du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics a créé une indemnité d’attente précisément pour ces situations, afin d’éviter toute rupture de prise en charge lorsque l’avis du conseil médical tarde à intervenir.
Ce même texte allège par ailleurs le contrôle médical en cas de renouvellement d’un congé long et instaure un droit, pour l’agent en congé pour raisons de santé, de débuter ou de poursuivre une formation, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé. Ces évolutions ne changent pas les conditions médicales d’accès au CLM ou au CLD, mais elles réduisent les zones de vide statutaire qui pénalisaient auparavant les agents en attente d’une décision.
Refus de reprendre le travail : quels risques pour l’agent ?
La question du refus se pose aussi à l’issue du congé, lorsque le conseil médical estime l’agent apte à reprendre ses fonctions. Si le fonctionnaire refuse de reprendre son poste sans motif valable lié à son état de santé, il peut être licencié après avis de la commission administrative paritaire (CAP). C’est une conséquence lourde, mais elle suppose que l’employeur ait respecté la procédure et recueilli cet avis avant toute décision.
Le même risque existe lorsqu’un agent inapte à son ancien poste, mais apte à un autre emploi, refuse successivement plusieurs propositions de reclassement : au bout de trois refus, un licenciement après avis de la CAP devient possible. Pour un agent en dépression qui craint une reprise trop précoce, il reste préférable de faire constater médicalement une inaptitude persistante plutôt que de refuser une reprise sans justification, ce qui fragilise fortement sa position statutaire. Sur les obligations qui pèsent sur le salarié ou l’agent pendant un arrêt, la question de savoir s’il faut répondre aux sollicitations de son employeur se pose également, comme le détaille l’article arrêt maladie et réponse à l’employeur.
Questions fréquentes
Un agent en fin de droits à congé maladie ordinaire peut-il demander un CLM pour dépression ?
Oui, l’épuisement du congé maladie ordinaire n’empêche pas de solliciter un congé de longue maladie ou de longue durée, à condition que le médecin traitant estime l’état de santé justifié et que le conseil médical rende un avis favorable sur ce nouveau dossier.
Une dépression liée directement au travail relève-t-elle du CLM ou d’un autre dispositif ?
Lorsqu’une pathologie psychiatrique est reconnue comme imputable au service, elle ne relève plus du congé de longue durée classique mais du congé d’invalidité temporaire imputable au service (CITIS), qui a remplacé le CLD imputable depuis le 13 avril 2019 pour les fonctionnaires territoriaux et depuis le 16 mai 2020 pour les fonctionnaires hospitaliers.
Un fonctionnaire en CLM depuis un an pour dépression peut-il refuser de basculer en CLD ?
Oui, l’agent peut demander, par une option irrévocable et après avis du conseil médical, à rester en congé de longue maladie plutôt que de passer en congé de longue durée, mais il perd alors la possibilité de solliciter un CLD au titre de la même affection avant d’avoir repris ses fonctions pendant au moins un an.
Le refus de trois propositions de reclassement entraîne-t-il automatiquement un licenciement ?
Non, un tel refus ouvre seulement la possibilité pour l’employeur de procéder au licenciement après avis de la commission administrative paritaire; la décision finale n’est pas automatique et suppose le respect de cette procédure consultative.
Sources
Sources consultées le 11 septembre 2026.
Informations vérifiées à cette date ; des évolutions ultérieures sont possibles. Vérifiez auprès de la source officielle.
- www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000000471431
- Actif – Le Congé de Longue Durée (CLD) – CNRACL – La retraite des fonctionnaires territoriaux et hospitaliers, www.cnracl.retraites.fr/actif/ma-situation-change/invalidite/les-conges-maladie/le-conge-de-longue-duree-cld
